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欧竑宇

教授

  • 电话:+86-021-62933765
  • 邮箱:hyou@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海市华山路1954号ebet哲生馆
  • 实验室网址:http://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/

学术经历

  • 现任ebet/微生物代谢国家重点实验室微生物学教授,微生物信息学研究组PI, 博士生导师
  • 1997年7月于南京农业大学获食品工程学士学位;
  • 2001年1月于天津科技大学获发酵工程硕士学位,师从贾士儒教授;
  • 2004年4月于天津大学获生物信息学博士学位,师从张春霆院士;
  • 2004年6月-2006年5月在英国莱斯特大学医学院接受病原菌基因组学博士后训练,合作导师 Dr. Kumar RAJAKUMAR;
  • 2006年6月到ebet任副教授,2012年起任微生物学教授;
  • 2015年10月-2016年9月,康奈尔大学访问教授(唐氏中国学者)。

研究方向

干实验:细菌耐药移动元件的序列分析

提出了细菌接合元件模块化的数据分析方法,将接合元件剖解为“四个模块” (整合切除、接合转移、遗传稳定和附属性状);开发了一系列专业数据库和软件工具,应用于细菌耐药基因水平转移机制的研究。
 

湿实验:肺炎克雷伯菌耐药移动元件的转移机制

以肺炎克雷伯菌为模型研究耐药元件的转移机制,发现了乙酰基转移酶类毒素-抗毒素系统KacAT的转录调控机制,阐明了IncFIIK质粒的转座子Tn1721推动碳青霉烯耐药基因blaKPC-2在中国的传播,揭示了耐药接合质粒促进肺炎克雷伯菌高毒力高耐药株形成的途径。

代表论著

  • ?  

    H. Qian#, H. Yu#, P. Li, E Zhu, Q. Yao, C. Tai, Z. Deng, K. Gerdes, X. He*, J. Gan*, H.Y. Ou* (2019) Toxin-antitoxin operon kacAT of Klebsiella pneumoniae is regulated by conditional cooperativity via a W-shaped KacA-KacT complex. Nucleic Acids Research, 47(14):7690-7702

    ?  

    M. Liu, X. Li, Y. Xie, D. Bi, J. Sun, J. Li, C. Tai, Z. Deng, H.Y. Ou* (2019) ICEberg 2.0: an updated database of bacterial integrative and conjugative elements. Nucleic Acids Research, 47(D1):D660-D665

    ?  

    X. Li, Y. Xie, M. Liu, C. Tai, J. Sun, Z. Deng, H.Y. Ou* (2018) oriTfinder: a web-based tool for the identification of origin of transfers in DNA sequences of bacterial mobile genetic elements. Nucleic Acids Research, 46(W1):W229–W234. 

    ?  

    H. Qian, Q. Yao, C. Tai, Z. Deng, J. Gan*, H.Y. Ou*(2018) Identification and characterization of acetyltransferase-type toxin-antitoxin loci in Klebsiella pneumoniae. Molecular Microbiology, 108(4), 336–349. (Cover Story, and Comment in: Molecular Microbiology, 108(4), 331–335)

    ?  

     Y. Xie#, L. Tian#, G. Li#, H. Qu, J. Sun, W. Liang, X. Li, X. Wang, Z. Deng, J. Liu*, H.Y. Ou* (2018) Emergence of the third-generation cephalosporin-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae due to the acquisition of a self-transferable blaDHA-1-carrying plasmid by an ST23 strain. Virulence, 9(1):838-844

  • ?  

    X. Wang#, Y. Xie#, G. Li, J. Liu, X. Li, L. Tian, J. Sun, H.Y. Ou*, H. Qu* (2018) Whole-Genome-Sequencing characterization of bloodstream infection-causing hypervirulent Klebsiella pneumoniae of capsular serotype K2 and ST374. Virulence, 9:1, 510-521.

    ?  

    Y. Xie#, Y. Wei#, Y. Shen#, X. Li, H. Zhou, C. Tai, Z. Deng, H.Y. Ou* (2018) TADB 2.0: an updated database of bacterial type II toxin-antitoxin loci. Nucleic Acids Research, 46:D749-D753.

    ?  

    J. Li, C. Tai, Z. Deng, W. Zhong, Y. He, H.Y. Ou* (2018) VRprofile: gene-cluster-detection-based profiling of virulence and antibiotic resistance traits encoded within genome sequences of pathogenic bacteria. Briefings in Bioinformatics, 19(4):566-574.

    ?  

    D. Bi, X. Jiang, Z.K. Sheng, D. Ngmenterebo, C. Tai, M. Wang, Z. Deng, K. Rajakumar and H.Y. Ou* (2015) Mapping the resistance-associated mobilome of a carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strain reveals insights into factors shaping these regions and facilitates generation of a 'resistance-disarmed' model organism. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 70:2770-2774.

    ?  

    D. Bi, L. Liu, C. Tai, Z. Deng, K. Rajakumar* and H.Y. Ou* (2013) SecReT4: a web-based bacterial type IV secretion system resource. Nucleic Acids Research, 41, D660-D665. 

获奖情况

  • 入选教育部新世纪优秀人才资助计划、上海市青年科技启明星计划、上海市明治乳业生命科学奖、ebet晨星青年学者奖励计划SMC优秀青年教师 (A类)、全国优秀博士学位论文提名论文。